挑戰:澳大利亞研究員始終致力于研究不同的鳥(niǎo)類(lèi),以測量在過(guò)去100年間,它們?yōu)閼獙θ蜃兣霈F的體形變化。研究員們需要一種快速、精準又簡(jiǎn)便的方式來(lái)記錄博物館收藏的86種鳥(niǎo)類(lèi)、上千個(gè)鳥(niǎo)喙的精確尺寸。
解決方案:Artec Space Spider, Artec Studio
效果:使用手持式三維掃描儀Artec Space Spider,每只鳥(niǎo)都能在短短兩分鐘內完成亞毫米級的彩色3D捕獲。這樣,只需去一次博物館就能完成30-50只鳥(niǎo)的掃描。每只鳥(niǎo)的掃描處理也只需要6分鐘不到。最終完成的掃描數據表明,在過(guò)去一個(gè)世紀,鳥(niǎo)喙大約變大了4%-10%。
博士生Sara Ryding用Artec Space Spider掃描澳洲粉紅鳳頭鸚鵡(Eolophus roseicapilla)(供圖:Sara Ryding)
全球變暖的嚴重影響已經(jīng)持續了幾十年:全球不少鳥(niǎo)類(lèi)都在應對溫度上升的過(guò)程中出現了體形變化,包括喙、腿和其他部位,這表明它們和環(huán)境不斷斗爭,只為生存。
這種變化是如何幫助它們應對氣溫升高的,目前只能用鮮有人知的“艾倫法則”來(lái)解釋。19世紀,這條生物進(jìn)化規則表明,溫暖氣候下的動(dòng)物通常有更大的器官,如耳、喙、尾、四肢。
由于許多器官沒(méi)有被毛皮或羽毛覆蓋,所以這些結構本身起到了熱輻射器的作用,來(lái)散發(fā)熱量,讓身體降溫至舒適溫度。
火烈鳥(niǎo)的紅外圖顯示它們通過(guò)喙和腿來(lái)散熱(供圖:Glenn Tattersall)
非洲象利用耳部散熱,老鼠通過(guò)尾巴,而鳥(niǎo)類(lèi)則通過(guò)喙和腿。
鳥(niǎo)類(lèi)體溫調節原理
如果我們進(jìn)一步探究鳥(niǎo)類(lèi)天生的體溫調節功能,就會(huì )發(fā)現大自然是如此鬼斧神工,這種散熱模式十分高效。首先,是鳥(niǎo)類(lèi)身體有效的調溫器——喙。如果不仔細觀(guān)察,你會(huì )以為鳥(niǎo)喙是由類(lèi)似樹(shù)皮一樣的惰性材料構成的。
來(lái)自南非卡拉哈里沙漠的雌性南方黃嘴犀鳥(niǎo)(Tockus leucomelas)喙部含有大量血管(供圖:T. van de Ven, UCT)
其實(shí),喙部也是活生生的器官,含有大量血管,有豐富的血管分支。舉個(gè)形象的例子,鳥(niǎo)類(lèi)身體需要在睡眠時(shí)降溫,這時(shí),它們會(huì )向喙部傳輸更多血液,將身體多余的熱量排出,使核心溫度降到有助于睡眠的水平。
顯然,對體形相當的鳥(niǎo)類(lèi)而言,喙部更大,散熱就更高效。
正在散熱的大西海海雀(Fratercula arctica)(供圖:Glenn Tattersall)
大致來(lái)說(shuō),為應對快速上升的溫度,一代代動(dòng)物都需要根據身體比例增大部分器官的體積。但由于這種改變會(huì )造成身體對稱(chēng)性的變化,從而造成體形改變。
鳥(niǎo)類(lèi)體形變化的那些事
通常,鳥(niǎo)類(lèi)的體形變化十分微小,必須通過(guò)測量過(guò)去幾十年的標本來(lái)判斷,這些標本幾乎都收藏于博物館,只有通過(guò)這種方式,才能對發(fā)生的體形變化做好量化工作。
過(guò)去的研究集中在某種或幾種特定鳥(niǎo)類(lèi)上的進(jìn)化過(guò)程。盡管現在的研究同樣揭示了鳥(niǎo)類(lèi)這一快速變化的趨勢,但這次的研究覆蓋了86種鳥(niǎo)類(lèi),共計6000只鳥(niǎo)。
Artec Space Spider掃描的澳大利亞壯麗細尾鷯鶯(Malurus cyaneus)(供圖:Sara Ryding)
這項研究由澳大利亞墨爾本迪肯大學(xué)博士生Sara Ryding負責,她和同事們一起,專(zhuān)門(mén)從事澳大利亞鳥(niǎo)類(lèi)研究。
為了測量鳥(niǎo)類(lèi)標本時(shí)盡可能提高精度,Ryding的導師Matthew Symonds博士,決定采用三維掃描技術(shù)。
研究員Sara Ryding握著(zhù)一只澳洲鳶(Elanus axillaris)(供圖:Sara Ryding)
Symonds了解了市面所有符合要求的三維掃描儀后,聯(lián)系了當地的埃太科合作商Objective3D。
公司專(zhuān)家為他推薦了Artec Space Spider,這是一款計量級精度的手持式三維掃描儀,受到許多研究人員和專(zhuān)家的青睞,適合處理對精度和分辨率要求高的任務(wù)。
Artec Space Spider
對比鳥(niǎo)類(lèi)體形變化的傳統方式就是使用數字卡尺來(lái)計算喙部的長(cháng)、寬、深度。隨后,將這些數值套入一個(gè)公式,計算同體積圓錐體的表面積。
Space Spider完整捕獲3D外形數據
Ryding提到,鳥(niǎo)喙有各種各樣的復雜外形,“如果把喙部簡(jiǎn)化為一個(gè)圓錐,勢必會(huì )丟失幾何數據,無(wú)法記錄下重要的解剖表面數據?!?
她補充道:“我們關(guān)注很多不同種類(lèi),從鴨子、夜鶯到猛禽……只有在研究范圍擴大后,才能看到這些不同的喙部形狀。因此,我認為三維掃描技術(shù)更適合這樣的研究,因為我們可以完整采集自然形態(tài)的全部數據,不會(huì )有任何遺失?!?
準備用數字卡尺來(lái)測量澳洲紋翅食蜜鳥(niǎo)喙部(供圖:Sara Ryding)
手動(dòng)測量的另一個(gè)問(wèn)題就是操作誤差。在測量鳥(niǎo)類(lèi)體形時(shí),由于卡尺位置不同,哪怕是多位經(jīng)驗豐富、全神貫注的研究員,都會(huì )出現測量差異,從而對數據結果帶來(lái)大的影響。
數秒鐘成就高精測量
Ryding表示:“有了Artec Space Spider,我們可以將操作員的誤差降到很低,即便是由不同人員操作,每份掃描幾乎都是一樣的。這才是研究員希望看到的結果。數據集精度越高,相關(guān)性就體現得更清晰,這也有助于我們得出可靠的結論?!?
目前為止,Symond的研究已經(jīng)顯示,在過(guò)去一個(gè)世紀,鳥(niǎo)類(lèi)喙部的體積已經(jīng)增加了約4%-10%。
就掃描效率來(lái)看,盡管新冠疫情封控政策導致無(wú)法多次前往博物館,但她還是在幾個(gè)月內,掃描了3000多只鳥(niǎo)。她的終極目標是6000只。
掃描當天,Ryding都會(huì )有一到兩個(gè)明確目標。在館長(cháng)的幫助下,她找到這些鳥(niǎo)類(lèi)的具體位置,并根據標本收集的年份和地點(diǎn)來(lái)挑選部分進(jìn)行掃描。
基本一個(gè)下午,她可以?huà)?0-50只小鳥(niǎo),或30-40只大鳥(niǎo)。
Artec Studio 截圖: Artec Space Spider掃描的澳洲粉紅鳳頭鸚鵡,未加紋理(供圖:Sara Ryding)
Ryding的掃描工作流程十分簡(jiǎn)單:把鳥(niǎo)放在旋轉臺上,面朝上,仰面躺好。然后,緩慢轉動(dòng)旋轉臺的同時(shí),用Space Spider掃描,一次性采集喙部所有解剖結構。這一過(guò)程大約持續2分鐘,最后的掃描數據用途十分廣泛。
秒殺手動(dòng)測量的3D數據效果
用Ryding的話(huà)說(shuō);“每份掃描提供的表面數據足夠我進(jìn)行各種分析了,甚至還有可能用于今后其他研究,例如幾何形態(tài)測量。想到過(guò)去的傳統操作方法,就會(huì )發(fā)現,數字卡尺是絕無(wú)可能捕捉到這么詳細的表面數據的。
Artec Studio 截圖: Artec Space Spider掃描的澳洲粉紅鳳頭鸚鵡,帶紋理(供圖:Sara Ryding)
隨后,Ryding會(huì )在家或學(xué)校里用Artec Studio軟件處理掃描??偟膩?lái)看,整個(gè)處理流程每只鳥(niǎo)大約需要6分鐘。
對此,她進(jìn)行了細致描述:“掃描處理流程如下:先進(jìn)行整體配準,然后移除異常值,進(jìn)行尖銳融合,可清晰保留所有微小的細節。隨后,應用紋理,即可清晰看出羽毛的根部和喙部開(kāi)始的位置。隨后,刪除多余數據,只剩喙部?!?
在A(yíng)rtec Studio中分離澳洲粉紅鳳頭鸚鵡喙部以便測量(供圖:Sara Ryding)
隨后,使用Artec Studio中的測量工具,為喙部快速完成線(xiàn)性測量,并和數字卡尺的結果進(jìn)行對比。
她繼續介紹后續步驟:“然后,我會(huì )進(jìn)行一項卡尺無(wú)法完成的操作,也就是測量表面積,那么我得到的就是整個(gè)喙部的面積,而不是線(xiàn)條長(cháng)度?!?
“Space Spider可以采集到喙部的微小平面和弧度,使表面積測算十分精準,可達毫米級以下。”
Ryding繼續說(shuō)道:“我會(huì )直接使用這些測量數據,但如果我需要進(jìn)行幾何或形態(tài)分析,那我或其他研究員也可以利用這些Space Spider的掃描數據,我只需把掃描以PLY文件導出,即可用于不同應用場(chǎng)景,完成不同任務(wù)?!?
Artec Space Spider捕獲的黃翅澳吸蜜鳥(niǎo)(Phylidonyris novaehollandiae)(供圖:Sara Ryding)
至于如何將這項研究的范圍擴大至其他國家,Ryding希望能有更多研究人員搜集數據,讓大家看到不同區域、大洲甚至半球的各種鳥(niǎo)類(lèi)(或其他動(dòng)物)體形變化的量化數據和對比分析。
三維掃描技術(shù)在生物研究領(lǐng)域發(fā)揮關(guān)鍵作用
在她看來(lái),三維掃描是實(shí)現研究目標的必備工具:“如果我們想簡(jiǎn)化研究過(guò)程,讓不同研究員可以直接對比,那么數據的精準度十分重要。手動(dòng)測量法是不現實(shí)的?!?
Ryding補充道:“有了Space Spider,每只鳥(niǎo)的掃描時(shí)間只需幾分鐘,我們可以采集亞毫米級的表面數據和逼真紋理細節,甚至今后的工作需要都能滿(mǎn)足。”
Artec Space Spider掃描的澳洲綠鸝(Oriolus flavocinctus)(供圖:Sara Ryding)
對于那些無(wú)法獲得高效三維掃描儀的研究人員,Ryding和她的團隊正在通過(guò)比較公式估算值和Space Spider完成的3D尺寸模型,完善現有鳥(niǎo)類(lèi)喙部尺寸估算公式(幾何法)。
具體方法就是找出8個(gè)重要的喙部獨立線(xiàn)段值。隨后,將這些值和同一樣本的3D模型對比,Ryding設計了新的公式,提高了喙部手動(dòng)測量的精度。
Ryding仍在這一領(lǐng)域深耕,她計劃制定更多公式,覆蓋更多物種。